Мандрагора лікарська багаторічна рослина. Квіти двостатеві й запилюються комахами. Рослина може самозапилюватися. Коріння може досягати завдовжки до 1,2 м, часто ділиться на два. Листки темно-зелені, ростуть в розетках, довгасто-яйцеподібні або овальні, зморшкуваті, довжиною від 5 до 40 сантиметрів. Квіти 5-пелюсткові, від білувато-зелених до блідо-синіх і фіолетових. Кулясті фрукти від жовтого до оранжево-червоного, діаметром від 5 до 40 міліметрів, нагадують маленькі помідори. Насіння завдовжки від 2,5 до 6 міліметрів, ниркоподібні, від жовтого до світло-коричневого кольору.